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#Load some useful libraries
library(limma)
library(DESeq2)
library(edgeR)
library(data.table)
library(tidyr)
library(magrittr)
library(tidyverse)
library(sjlabelled)
library(sjmisc)
library(ggplot2)
library(broom)
library(DataCombine)
#import data
countdf <- DropNA(read.csv(file = 'proteomics.csv'))
No Var specified. Dropping all NAs from the data frame.
0 rows dropped from the data frame because of missing values.
rownames(countdf) <- NULL
meta <- DropNA(read.csv(file = 'proteomics_metadata.csv'))
No Var specified. Dropping all NAs from the data frame.
0 rows dropped from the data frame because of missing values.
rownames(meta) <- NULL
anno <- DropNA(read.csv(file = 'proteomics_metadata_table.csv'))
No Var specified. Dropping all NAs from the data frame.
0 rows dropped from the data frame because of missing values.
rownames(anno) <- NULL
full <- DropNA(read.csv(file = 'proteomics_full.csv'))
No Var specified. Dropping all NAs from the data frame.
0 rows dropped from the data frame because of missing values.
rownames(full) <- NULL
#clean-up tables
#prepare for model
#make consistent index/column/label/ordering between tables/matrices
names(countdf)[1] <- 'name'
#countdf[countdf==0] <- 0.0000001
#countdf[countdf<0] <- 0.0000001
names(countdf) <- sapply(str_remove_all(names(countdf),"X"),"[") # remove added X's from PCI names
count_matrix <- countdf[,2:ncol(countdf)]
count_matrix <- as.matrix(count_matrix)
#count_matrix[,1] <- NULL
names(full) <- sapply(str_remove_all(colnames(full),"X"),"[")
names(count_matrix) <- sapply(str_remove_all(colnames(count_matrix),"X"),"[")
meta$sex <- factor(meta$sex)
full$sex <- factor(full$sex)
meta$bowel <- factor(as.numeric(factor(meta$bowel, levels = c(1,2,3,4), labels = c(1,2,3,4))))
full$bowel <- factor(as.numeric(factor(full$bowel, levels = c(1,2,3,4), labels = c(1,2,3,4))))
meta <- within(meta, bowel <- relevel(bowel, ref = 3))
full <- within(full, bowel <- relevel(bowel, ref = 3))
count_matrix
01001621 01001661 01002192 01002471 01002885 01003555 01003757 01003758 01004037 01004350 01004551 01004575 01004596
01005890 01005935 01006225 01007074 01007520 01008097 01008265 01008612 01008631 01009390 01009735 01010189 01010305
01010353 01010869 01012428 01012516 01012545 01013541 01013762 01014138 01014816 01015440 01016929 01017180 01017741
01017775 01018937 01019058 01019071 01020175 01020229 01021265 01022339 01022402 01022407 01022858 01023349 01023413
01024256 01024456 01024630 01025234 01025263 01026607 01027404 01027470 01027537 01027696 01029036 01029221 01030956
01031512 01031642 01032098 01032815 01033859 01034215 01034290 01034766 01035670 01035805 01036226 01037387 01037980
01038044 01039187 01039289 01039498 01040030 01040480 01041616 01041867 01042050 01043932 01044249 01044589 01046903
01047354 01047811 01047962 01048336 01048590 01049187 01049423 01049882 01050730 01051449 01051853 01052106 01052129
01052191 01052215 01053273 01053715 01054467 01054605 01054953 01055203 01056512 01056539 01057091 01057221 01057494
01057853 01058129 01058286 01058434 01058551 01059446 01061685 01062180 01062548 01062832 01063155 01063600 01063898
01064166 01064217 01065495 01065558 01066219 01066842 01068049 01068336 01068343 01068688 01069664 01070356 01070706
01073086 01074064 01074358 01074839 01074895 01074919 01075262 01075315 01075653 01075936 01076617 01076849 01077614
01078359 01080714 01081740 01081870 01082166 01082219 01083356 01084760 01084848 01084936 01084981 01086028 01086260
01087775 01089152 01089730 01090699 01090966 01090985 01091344 01092042 01092578 01093067 01095263 01095550 01095708
01096598 01097616 01098111 01098582 01098662 01098708 01098954 01099022 01099707 01099807 01100090 01100093 01100301
01100470 01100787 01101113 01101580 01101818 01103169 01104524 01104998 01105349 01106206 01106734 01107318 01107786
01108839 01109152 01109311 01110511 01110652 01111390 01112052 01112213 01113056 01114773 01115185 01116419 01116698
01117506 01117666 01118407 01118887 01119219 01119278 01119799 01121094 01121281 01121506 01124068 01124554 01124557
01124640 01125510 01125762 01125820 01126088 01126228 01126385 01126611 01127076 01127950 01128019 01128104 01128604
01129252 01129287 01129614 01130475 01131525 01131755 01131862 01133020 01133190 01133488 01133979 01134467 01134627
01134852 01134952 01135208 01135229 01135434 01135564 01137439 01137764 01138494 01139462 01139724 01139766 01140117
01140554 01140660 01141322 01141335 01141375 01141632 01142145 01142225 01142570 01142696 01143086 01144986 01145585
01146647 01147280 01147647 01147722 01147944 01148342 01148826 01149234 01149874 01149887 01150088 01150133 01150256
01150534 01150670 01151826 01152251 01153383 01154032 01154257 01154691 01154821 01154856 01154995 01155523 01155774
01156249 01156974 01157208 01157232 01157578 01157765 01159150 01159198 01159216 01161402 01162879 01163159 01163255
01163862 01164168 01165338 01165498 01166579 01166603 01167016 01167099 01167619 01167651 01167901 01168878 01169545
01170158 01171221 01171818 01172696 01172809 01173245 01173930 01174400 01174530 01174804 01175004 01175083 01175269
01175411 01175547 01176588 01177180 01178071 01178677 01179608 01179898 01179920 01180272 01180825 01181433 01181682
01182274 01182288 01182576 01183340 01184006 01186457 01186567 01186997 01187657 01188084 01189255 01189640 01189651
01191170 01191231 01192068 01192106 01192338 01192392 01193613 01194198 01194433 01194484 01195713 01195760 01196562
01196748 01196776 01197219 01197268 01197529 01197763 01198460 01198770 01198896 01199042 01199304 01199448 01199581
01199949 01200283 01200286 01200442 01200724 01201199 01201277 01202147 01202481 01202486 01202629 01203001 01203925
01204364 01204451 01204665 01205026 01205849 01206131 01206460 01207423 01207801 01207810 01208014 01208152 01208285
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01222182 01222286 01222611 01223735 01223957 01224453 01224526 01224606 01225255 01226325 01226780 01226903 01227044
01227858 01228251 01228476 01230087 01230333 01230573 01230961 01231502 01231615 01231638 01231872 01232606 01232614
01233310 01233390 01233782 01234668 01236052 01236168 01236520 01236818 01238327 01238340 01238425 01238758 01239027
01239160 01239686 01240429 01240762 01240947 01241681 01241841 01242341 01242582 01243433 01243762 01244248 01244421
01245094 01247637 01248541 01248818 01248894 01249756 01250217 01250241 01250454 01251537 01252056 01252144 01252784
01253011 01256739 01256840 01257335 01258294 01258737 01259522 01259658 01259738 01259834 01261412 01261654 01262152
01262983 01263023 01263493 01264795 01265498 01265757 01266086 01267255 01267393 01267420 01268471 01268568 01268746
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01277016 01277584 01277761 01277837 01277838 01278177 01278714 01279158 01279889 01280219 01280637 01282093 01282698
01283684 01283804 01284672 01285204 01285575 01285674 01285871 01286296 01286616 01286934 01286951 01287002 01287040
01287991 01288413 01289179 01289365 01289651 01290444 01290685 01291492 01293694 01294222 01294594 01295153 01295377
01295520 01295702 01296751 01297012 01298401 01298856 01299311 01299519 01300928 01301558 01301843 01302154 01302610
01303423 01304044 01304906 01304992 01305376 01306236 01306720 01307131 01307158 01307371 01308508 01308730 01308800
01309498 01309779 01310126 01310175 01310261 01310389 01311144 01311318 01311478 01311579 01311895 01312483 01312666
01312792 01313082 01313668 01313904 01314140 01314788 01315038 01315327 01315770 01316569 01317285 01317702 01317813
01318417 01319136 01319649 01319761 01320932 01321418 01321719 01321726 01321820 01321856 01322694 01323045 01323399
01323640 01323952 01324141 01324463 01325310 01325488 01327998 01328835 01329753 01330626 01330925 01331422 01331474
01331668 01331916 01331919 01333624 01333878 01334323 01334416 01334918 01334958 01335458 01335521 01336320 01336644
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01354787 01354879 01354930 01355010 01355342 01355514 01355617 01355791 01356466 01357653 01357953 01358815 01358940
01359817 01359989 01360278 01360318 01360677 01361259 01361414 01361790 01362364 01362687 01363795 01364126 01364192
01364721 01365052 01365832 01366208 01366706 01366783 01367738 01367896 01367974 01368088 01368213 01368780 01369634
01370236 01370608 01371698 01371934 01372136 01372590 01373046 01374010 01374127 01374976 01375514 01376324 01377852
01378031 01378108 01378660 01378885 01380424 01381144 01381548 01382653 01382823 01384009 01384259 01384536 01385380
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